Bestemmelse av antistoffer mot den mikrosomale fraksjonen av skjoldbruskkjertelen brukes til å diagnostisere autoimmun tyreoiditt og hypotyreose, der nivået av antistoffer i blodet øker. Antistoffer mot skjoldbruskkjertelmikrosomer danner immunkomplekser på overflaten av cellene, aktiverer komplement og cytotoksiske lymfocytter, noe som fører til celleødeleggelse og dannelse av en inflammatorisk prosess i skjoldbruskkjertelen.