Den forårsakende agensen for flåttbåren viral encefalitt tilhører slekten flavivirus. Virionet er sfærisk, 40–50 nm i diameter, inneholder RNA og reproduserer seg godt i mange vevskulturer. Av forsøksdyrene er hvite mus, hamstere, aper og bomullsrotter mest følsomme for viruset. Mange husdyr er også mottakelige for flåttbåren encefalittvirus.