Før antiretroviral behandling forskrives i hvert tilfelle, er det nødvendig å gjennomføre en klinisk og laboratorieundersøkelse av pasienten, bestemme kliniske indikasjoner og kontraindikasjoner, evaluere laboratorieparametere og, med tanke på innhentede data, utvikle et akseptabelt behandlingsregime.