Pasienter er bekymret for følgende symptomer på flåttbåren encefalitt: hodepine, generell svakhet, uvelhet, frysninger, varmefølelse, svette, svimmelhet, smerter i øyeeplene og fotofobi, tap av appetitt, smerter i muskler, bein, ryggrad, øvre og nedre ekstremiteter, korsrygg, nakke og ledd.