Kostholdsterapi er grunnlaget for behandling av matallergier. Amming med moren etter et hypoallergenisk kosthold er optimalt for barn med matallergier. Hvis moren ikke har melk og er allergisk mot kumelk, brukes soyamelkerstatning (Alsoy, Bonasoya, Frisosoy, etc.). Ved soyaintoleranse brukes morserstatning basert på produkter med høy proteinhydrolyse (Alfare, Alimentum, Pepti-Junior, etc.) og delvis hydrolyse av melkeprotein (Humana, Frisopep).