Behandling av meningokokkinfeksjon avhenger av sykdommens kliniske form. Ved nasofaryngitt er behandlingen symptomatisk. Hvis diagnosen bekreftes bakteriologisk, brukes benzylpenicillin, ampicillin, cefalosporiner av første og andre generasjon, kloramfenikol og pefloksacin i gjennomsnittlige terapeutiske doser i 3 dager. Kotrimoksazol og aminoglykosider bør ikke brukes, da de fleste eksisterende stammer av meningokokker er resistente mot disse.