Klinisk diagnose er kun pålitelig ved lobær lungebetennelse, men sannsynligheten for pneumokokk-etiologi ved samfunnservervet lungebetennelse, mellomørebetennelse og bihulebetennelse er 60–80°. Diagnosen kan kun bekreftes på grunnlag av resultatene av mikrobiologisk undersøkelse av det tilsvarende biosubstratet: ved rhinitt – neseutstryk (utstryk), ved mellomørebetennelse og bihulebetennelse – purulent ekssudat, ved lungebetennelse – sputum, ved hjernehinnebetennelse – cerebrospinalvæske.