Påvisning av patogenet er av avgjørende betydning for å bekrefte diagnosen pneumocystose. Hovedmaterialet for studien er sputum, bronkiale sekresjoner, vask tatt under bronkial lavage eller bronkoalveolær lavage, og biter av lungevev tatt under transbronkial, perkutan eller åpen biopsi. På grunn av pasientens alvorlige tilstand utføres oftest ikke disse manipulasjonene for å unngå komplikasjoner.