Alloimmun, eller isoimmun, nøytropeni hos nyfødte forekommer hos fosteret på grunn av antigenisk inkompatibilitet mellom fosterets og morens nøytrofiler. Morens isoantistoffer tilhører IgG-klassen, de trenger inn i morkakebarrieren og ødelegger barnets nøytrofiler. Isoantistoffer er vanligvis leukoagglutininer, de reagerer med pasientens og farens celler, ikke med morens celler.