Klinisk kan diagnosen shigellose bare stilles i tilfeller av en typisk kolittvariant av sykdommen. For å avklare diagnosen i tilfeller som ikke er bekreftet av laboratorietester, utføres en rektoskopi, som i alle tilfeller av shigellose avslører et bilde av kolitt (katarral, hemoragisk eller erosiv-ulcerøs) med skade på slimhinnen i den distale tykktarmen, ofte sfinkteritt.